กลไกการเกิดโรคกรดไหลย้อน คือ หูรูดหลอดอาหารส่วนล่างทำงานผิดปกติ เกิดการคลายตัวในเวลาที่ไม่จำเป็น โดยเฉพาะตอนกลืนอาหาร หูรูดหลอดอาหารจะคลายตัวเพื่อให้อาหารไหลลงไปยังกระเพาะอาหาร เมื่ออาหารไหลลงไปแล้ว หูรูดหลอดอาหารหดตัวปิด อาหารหรือกรดในกระเพาะอาหารจึงไม่ไหลย้อนกลับขึ้นด้านบน
แต่ทุกวันนี้ยังไม่มีใครทราบสาเหตุที่ทำให้หูรูดหลอดอาหารไม่ทำงาน พบเพียงว่ากระเพาะอาหารบีบตัวมากเกินไปจึงทำให้หูรูดหลอดอาหารคลายตัว
นอกจากนี้โรคกรดไหลย้อน ยังสัมพันธ์กับพฤติกรรมอื่น
มีความเครียด เวลาเครียดหรือโกรธจัด อารมณ์ที่พลุ่งพล่านจะกระตุ้นให้เกิดการหลั่งกรดในกระเพาะอาหารออก มามากเกินไป
กินอาหารจนแน่นท้อง ซึ่งส่งผลให้กรดในกระเพาะอาหารเอ่อล้นออกมา
กินอาหารกระตุ้นอาการ เช่น อาหารรสจัดของทอด ชา กาแฟ น้ำอัดลม เครื่องดื่มแอลกอฮอล์
น้ำหนักเกินหรืออ้วนลงพุง เนื่องจากไขมันที่สะสมบริเวณหน้าท้องจะไปเบียดกระเพาะอาหาร ทำให้กรดเกิดการไหลย้อนได้
สวมเสื้อผ้ารัดรูป เช่น ใส่กางเกงยีนฟิตเปรี๊ยะใส่สเตย์รัดหน้าท้อง
นั่งเอนหลังหรือนอนหลังจากกินอาหารเสร็จใหม่ ๆ
กินยาบางชนิด เช่น ยาลดความดันโลหิตยาขยายหลอดลม หรือการรับฮอร์โมน และการสูบบุหรี่จัด
ตั้งครรภ์ เนื่องจากสตรีตั้งครรภ์จะมีการเปลี่ยนแปลงของระดับฮอร์โมนซึ่งส่งผลต่อการเกิดโรคกรดไหลย้อนได้ เพราะระดับฮอร์โมนของคุณแม่ตั้งครรภ์มีการเปลี่ยนแปลง
เมื่อมีอาการกรดไหลย้อน เรามักซื้อยาลดกรดมากินเพื่อแก้อาการ แต่เป็นวิธีแก้แบบชั่วคราว อาการหายไปแล้วก็จะกลับมาเป็นอีก เพราะไม่ได้รักษาที่ต้นเหตุ